Skupiając okoliczną młodzież na kursach, kierownik szkoły coraz częściej myślał o tajnym nauczaniu i przygotowywał uczniów do podjęcia tej działalności. Przeprowadził poufne rozmowy z rodzicami, a kiedy ci wyrazili zgodę, energicznie przystąpił do organizowania tajnego nauczania na poziomie szkoły średniej. W tym samym czasie zaistniała korzystna sytuacja dla podjęcia tajnego nauczania, bowiem w Borowej zamieszkała wysiedlona z Łodzi nauczycielka gimnazjalna Helena Warężakowa, z którą kierownik nawiązał kontakt. Tajne nauczanie przygotowano w porozumieniu z Powiatową Komisją Oświaty i Kultury w Mielcu, na czele której stał Piotr Adamski. Z jej upoważnienia i wskazówek oraz pod tajnym nadzorem Stanisława Biernackiego przygotowano tajne nauczanie według programu I klasy gimnazjalnej.
We wrześniu 1941 roku pod nazwą kursów buchalteryjnych rozpoczęto tajne nauczanie. Funkcję kierownika pełnił A. Sierpowski oraz uczył matematyki i historii. Naukę języków prowadziła Helena Warężakowa, która uczyła języka polskiego, francuskiego i łacinę. Janina Sierpowska uczyła przyrody, geografii, fizyki i chemii, a także religii. Klasę stanowili byli uczestnicy kursów buchalteryjnych. Pierwsza grupa uczniów objęta tajnym nauczaniem liczyła 17 osób i byli to: z Borowej - Mieczysław Rzeźnik, Andrzej Sierpowski, Barbara Sierpowska, Krystyna Stachowicz, Mieczysław Stachowicz, Władysława Taran, Anna Warężak, Kazimierz Wójtowicz, Maria Wyczałek; z Glin Małych - Maria Działo i Władysław Rugała; z Górek - Weronika Żak; z Pława - Heinrich i Bronisław Miłoś; z Ujścia - Jan Gnida, Józefa Groele i Edward Rogóż.Po dziesięciu miesiącach intensywnej nauki w czerwcu 1942 roku, w porozumieniu z Komisją Powiatową do Borowej przyjechała Komisja Egzaminacyjna. Wynik egzaminu był dla wszytkich pomyślny, gdyż wszyscy uczniowie otrzymali pozytywne oceny, a nauczyciele otrzymali gratulacje i pochwałę.
W roku szkolnym 1942/43 wzrosła ilość uczniów tajnego nauczania, gdyż było już dwa komplety. W tej sytuacji wynikły trudności lokalowe lecz kierownik rozwiązał ten problem oddając kompletom do dyspozycji swoje mieszkanie. Nauczyciele pracowali jak w poprzednim roku, a rodzice opłacali naukę w naturze z czego zadowolone były obie strony.
W następnym roku tj. 1943/44 zorganizowany został kolejny komplet. Nauczycielom przybyło znowu więcej pracy, gdyż realizowano już program I, II i III klasy gimnazjalnej. Młodzież i uczący pracowali w trudnych warunkach lokalowych i w ciągłej atmosferze niepokoju o bezpieczeństwo własne i swych wychowanków. Mimo trudności lokalowych oraz dwukrotnej kontroli szkoły przez gestapo, nauka przebiegała sprawnie i nie została zdekonspirowana. Dalszą działalność szkoły powszechnej i tajnego nauczania przerwały działania wojenne.
W dniach 6-7 sierpnia 1944 roku w wyniku działań wojennych Borowa została zbombardowana. Front zatrzymał się na linii Wisłoki, a ludność została wysiedlona na prawy jej brzeg i pozostała tam do stycznia 1945 r.